Hubungan dagang Kerajaan Aceh dengan Portugis sempat membaik beberapa tahun, tapi kemudian kembali berperang mempertegas eksistensi masing-masing di Selat Malaka.

Sejarawan RO Winstedt dalam buku A History of Malaya yang diterbitkan di London pada tahun 1935 menjelaskan, Kerajaan Aceh melakukan penyerangan pertama kali terhadap kedudukan Portugis di Malaka pada tahun 1547. Dalam penyerangan ini berhasil menenggelamkan dua buah kapal Portugis yang berada di pelabuhan Malaka dan juga berhasil mendaratkan tentaranya di sana, serta mengepung Portugis yang hanya bertahan di dalam bentengnya. Kerajaan Aceh mengultimatum penguasa Portugis yang berada di benteng yaitu Simao de Mello supaya menyerah.

Hal yang sama juga ditulis A Macgrego dalam buku A Portuguese Sea Fight Near of Singapore, JMBRAS, Vol XXIX Part 3 yang diterbitkan pada tahun 1957. Menurutnya, untuk menghadapi serangan Kerajaan Aceh itu Portugis kemudian mendapatkan bantuan yang datang dari Goa dan juga dari kerajaan Johor. Dengan demikian pasukan Aceh terpaksa menarik diri dari Malaka.

Baca Juga: Banda Aceh Kota Ilmu Pengetahuan

Karena Kerajaan Johor telah membantu pihak Portugis, maka pada tahun 1564, Aceh menyerang kerajaan itu dan berhasil mendudukinya. Sultan Johor terbunuh dalam penyerangan itu dan sejumlah tawanan dari Johor diangkut ke Bandar Aceh Darussalam, ibu kota kerajaan Aceh. Untuk beberapa tahun Johor menjadi vazal Kerajaan Aceh.

Tindakan Aceh menyerang dan menguasai Kerajaann Johor di Semenanjung Melayu itu dilakukan sebagai persiapan untuk menyerang kembali Portugis di Malaka. Sultan Aceh menguasai Johor agar kerajaan itu tidak memiliki berkesempatan untuk membantu Portugis seperti pada penyerangan tahun 1547.

Sementara itu Portugis memperbesar kekuatannya di Malaka dan mengatur persiapan untuk menyerang balas kota Bandar Aceh. Don Antonio de Noronda penguasa Portugis yang baru untuk Malaka, dalam tahun 1564 telah memperoleh informasi tentang Kerajaan Aceh yang telah membentuk suatu persekutuan dengan beberapa kerajaan Islam untuk menentang Portugis.

Baca Juga: Masjid Raya Baiturrahman Pusat Pendidikan Islam

Kerajaan Aceh kemudian menyusun langkah-langkah untuk mengusir Portugis dari kawasan Selat Malaka, salah satunya dengan memperkuat angkatan perang terutama armada lautnya. Hal ini dilakukan di bawah kuasa Sultan Alaudin Riayat Syah al Kahhar (1537-1571). Untuk tujuan ini, salah satu cara yang ditempuh adalah menjalin hubungan dengan kerajaan Islam terkemuka pada waktu itu, yaitu Turki. Dengan harapan kerajaan ini akan memberi bantuan militer kepada Aceh.

Turki kemudian mengirim kapal perang dan para instruktur/pelatih militer (Mualim) ke Aceh. Dengan bantuan Turki akhirnya Aceh bisa mengusir Portugis dari Malaka, hingga armada Portugis kemudian melarikan diri ke Goa.[]